Arbre du SGE

Jour 14 : Jeudi 21 mai 2020 

En examinant les rapports sommaires hebdomadaires du SGE de PulseNet Canada, vous remarquez qu’une mise à jour a été apportée à la grappe d’infection à Salmonella Newport détectée antérieurement en Ontario (2005NEWWGS-1ON). La grappe comprend maintenant un total de neuf isolats, provenant de la Colombie‑Britannique (n = 2), de l’Ontario (n = 6) et de l’Alberta (n = 1).

Maintenant qu’il s’agit d’une grappe touchant plusieurs provinces, le code de la grappe a été modifié comme suit : 2005NEWWGS-1ON-MP. La mention « MP » a été ajoutée à la fin du code de grappe pour indiquer que cette grappe touche de multiples provinces.

Afin d’évaluer cette grappe de façon plus approfondie, vous décidez d’examiner la liste des cas pour obtenir plus de renseignements et vous demandez à PulseNet Canada de tenir une réunion rapide pour examiner l’arbre du SGE pour cette grappe.

Arbre du SGE

Vous rencontrez PulseNet Canada qui vous communique l’arbre du SGE ci-dessous pour les neuf cas. Neuf cas confirmés d’infection à Salmonella Newport ont été signalés en Alberta (n = 1), en Colombie-Britannique (n = 2) et en Ontario (n = 6). Les neuf cas sont génétiquement liés par le séquençage du génome entier, l’analyse wgMLST révélant de 0 à 6 différences d’allèles. Ce degré de variation indique que tous ces cas ont été exposés à la même souche spécifique de Salmonella. Ces données sont conformes au principe biologique sous-jacent selon lequel les souches génétiquement identiques ou très similaires sont plus susceptibles de provenir d’une source commune et fournissent donc des preuves solides qu’il s’agit d’une éclosion de source commune.

Text description: WGS tree illustrating genetic relatedness of nine cases. Cases are all genetically related by 0-5.6 wgMLST allele differences.

Description : Arbre du SGE illustrant la parenté génétique des neuf cas. Les cas sont tous génétiquement liés et présentent de 0 à 5,6 différences d’allèles à l’analyse wgMLST.

Question 1-4 : Quels facteurs pourraient être pris en compte dans l’évaluation des grappes par SGE aux fins du suivi?

Plusieurs facteurs peuvent être pris en compte lors de l’évaluation d’une grappe d’infection à Salmonella, notamment :

  • la fréquence du sérotype;
  • le nombre de cas dans la grappe;
  • l’intervalle des allèles et la ramification;
  • les profils démographiques des cas;
  • les dates de l’isolement;
  • la présence d’un isolat non clinique dans la grappe;
  • comment les isolats de la grappe sont-ils apparentés entre eux et à tous les autres isolats dans la base de données de PulseNet Canada (p. ex. comment la grappe actuelle est-elle liée à des éclosions précédemment résolues?)

Pendant l’évaluation de cette grappe, vous utilisez l’outil d’évaluation des grappes par SGE de l’ASPC. Après avoir examiné l’arbre du SGE, vous décidez d’examiner la liste des cas de laboratoires fournie par PulseNet Canada afin de recueillir plus de détails et vous guider dans votre évaluation de cette grappe.

OUTILS

 LECTURES COMPLÉMENTAIRES

< Retour Suivant >