Études analytiques

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Les études analytiques sont utilisées au cours d’une enquête sur une éclosion, lorsqu’il y a au moins une hypothèse claire concernant la source de l’éclosion. L’étude analytique permet aux chercheurs d’évaluer les risques de maladie associés à une hypothèse (p. ex. une exposition précise). Deux principaux modèles d’étude sont utilisés dans le cadre des enquêtes sur une éclosion, soit l’étude de cohorte  et l’étude cas-témoins rétrospectives.

Le choix du modèle d’étude utilisé dans le cas d’une éclosion dépend de chaque éclosion et d’un certain nombre de facteurs, notamment la nature de la population à risque, la faisabilité concernant les ressources et la logistique, et le caractère opportun. 

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Étude de cohorte

Dans le contexte d’une éclosion entérique, un modèle d’étude de cohorte peut être utilisé si les personnes à risque font partie d’un groupe défini. Par exemple, les élèves d’une classe, les employés qui ont assisté à un pique-nique d’entreprise, les convives à un repas paroissial ou les participants à un événement sportif. L’étude de cohorte est donc couramment utilisée lorsqu’une éclosion se produit à un événement ou à un lieu précis.

Les études de cohorte d’éclosion entérique sont rétrospectives (« cohortes rétrospectives »), parce que les cas et les sujets témoins sont identifiés au même moment, avec une détermination subséquente des expositions. Par contre, dans les études de cohorte types en épidémiologie, un groupe de personnes exposées et non exposées sont suivies de façon prospective dans le temps; à la fin de l’intervalle, la proportion de personnes qui développent les signes en question sont comparées entre les deux groupes.

La mesure d’association d’une étude de cohorte est le risque relatif ou le rapport de risques : le rapport entre le risque de maladie dans le groupe exposé et le risque de maladie dans le groupe non exposé.

  Maladie Aucune maladie Total
Exposé a b a + b
Non exposé c d c + d

 

a/(a+b) = risque dans le groupe exposé

c/(c+d) = risque dans le groupe non exposé

Risque relatif = [a/(a+b)]/[c/(c+d)] 

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Étude cas-témoins

Le modèle d’étude cas-témoins est couramment utilisé dans des éclosions qui ne sont pas liées à un événement ou à un lieu précis, ou lorsque la population à risque n’est pas clairement définie. Par exemple, si les cas sont identifiés au moyen d’un système de surveillance couvrant une grande zone géographique sans aucun facteur commun apparent.

Les études cas-témoins utilisées dans les enquêtes sur les éclosions sont rétrospectives : les cas (et les sujets témoins) sont d’abord identifiés et les expositions sont déterminées par la suite. La sélection des sujets témoins ou d’un groupe de comparaison appropriés est l’un des aspects les plus difficiles de la conception et de la mise en œuvre d’une étude cas-témoins. Le but de la sélection des sujets témoins est d’inclure des personnes qui présentent le plus de similarités possible avec les cas (autres que l’exposition d’intérêt), afin de minimiser les biais potentiels.

La mesure d’association utilisée pour évaluer les rapports entre l’exposition et le résultat dans un modèle d’étude cas-témoins est le rapport de cotes : la proportion entre les probabilités de maladie dans le groupe exposé et les probabilités de maladie dans le groupe non exposé. Dans le contexte d’une éclosion de maladie d’origine alimentaire, un rapport de cotes est une mesure relative entre les probabilités de consommation d’un produit alimentaire et les probabilités de consommation du même produit alimentaire dans le groupe témoin.

  Maladie Aucune maladie Total
Exposé a b a + b
Non exposé c d c + d

 

a/b = les probabilités qu’une personne exposée développe une maladie

c/d = les probabilités qu’une personne non exposée développe une maladie

Rapport de cotes = (a/b)/(c/d) 

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Exemples

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Outils

Répertoire de questionnaires d’enquête en cas d’éclosion d’une maladie entérique

  • Ce répertoire contient des questionnaires pour divers pathogènes, que l’on peut utiliser à différentes étapes d’une enquête sur une éclosion, y compris pour générer, améliorer et vérifier des hypothèses.

OpenEpi (anglais seulement)

  • OpenEpi est un logiciel libre et gratuit de production et de traitement des statistiques épidémiologiques. Il fournit des statistiques de comptages et de mesures, comme des analyses stratifiées avec limites de confiance exactes, des analyses personne-temps et à paires appariées, des tailles d’échantillon et des calculs de puissance, des nombres aléatoires, et d’autres statistiques de sensibilité, de spécificité et d’évaluation, des tableaux R x C, des tests de chi-carré de l’effet dose-réponse et des liens vers d’autres sites utiles.

Statistical Tool Syntax Locator (StatTool) (anglais seulement)

  • Le Statistical Tool Syntax Locator (StatTool) est un logiciel libre et gratuit développé par Santé publique Ontario. Il est fondé sur le tableau « What statistical analysis should I use? », élaboré par le Statistical Consulting Group de l’Université de la Californie, à Los Angeles (UCLA). StatTool vous aide à choisir le test statistique et la syntaxe à utiliser avec le logiciel de votre choix à des fins d’analyse et de présentation de rapports. Il a été conçu à l’intention des épidémiologistes, des analystes et des chercheurs qui réalisent des recherches et des analyses statistiques.

EpiSheet  (anglais seulement)

  • EpiSheet est un logiciel ouvert gratuit, écrit et développé par le Dr Kenneth Rothman. Il s’agit d’une feuille de calcul Microsoft Excel téléchargeable, que l’on utilise pour faire l’analyse de données épidémiologiques; cet outil est conçu pour appuyer les épidémiologistes, les analystes et les statisticiens dans leur travail d’analyse.

Logiciel EpiData  (anglais seulement)

  • Le logiciel Epidata est un logiciel libre et gratuit, créé par des épidémiologistes, qui comporte deux composantes : EpiData Entry et EpiData Analysis. EpiData Entry est surtout utilisée pour la saisie de données simples et la documentation de données. EpiData Analysis fait des analyses statistiques de base, des graphiques et la gestion complète des données.

Epi Info (anglais seulement)

  • Epi Info™ est une suite d’outils logiciels grand public destinée aux praticiens de la santé publique et aux chercheurs. Elle permet de créer des formulaires de saisie de données et des bases de données, et d’analyser les données à l’aide de statistiques épidémiologiques, de cartes et de graphiques, et s’adresse aux professionnels de la santé publique qui n’ont pas nécessairement de formation en technologie de l’information.

R  (anglais seulement)

  • R est à la fois un langage de programmation et un logiciel statistique, qui permet de faire des calculs statistiques et de produire des graphiques. R est un logiciel libre et gratuit.

RStudio (anglais seulement)

  • RStudio est un environnement de développement intégré, qui sert d’interface pour utiliser le logiciel R. Il comprend une console, un éditeur de coloration syntaxique qui aide à l’exécution directe du code, ainsi que des outils permettant la création de tracés graphiques, l’affichage de l’historique, le débogage et la gestion de l’espace de travail. RStudio est disponible en version libre et en version commerciale.  

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Lectures complémentaires

Kanchanaraska, Sukon. 2008. “Estimating risk”. Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health. Disponible à l’adresse : http://ocw.jhsph.edu/courses/fundepiii/PDFs/Lecture16.pdf (anglais seulement)

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