Génération d’hypothèses

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La génération d’hypothèses est une étape importante et souvent difficile de l’enquête sur l’éclosion. Il est préférable de garder l’esprit ouvert et de ratisser large lorsque l’on génère des hypothèses. Un bon point de départ consiste à déterminer les expositions précédemment associées au pathogène visé par l’enquête. Pour ce faire, il faut :

  • faire une recherche dans une base de données sur les éclosions, p. ex. les rapports du Registre des éclosions, la base de données Marler Clark ou la base de données en ligne sur les éclosions d’origine alimentaire des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) (voir la section sur les outils;
  • consulter la littérature sur le sujet au moyen d’un moteur de recherche tel que PubMed ou Google Scholar.

Si la définition de cas  de la maladie faisant l’objet d’une enquête comprend des renseignements de sous-typage en laboratoire sous forme d’un profil d’électrophorèse en champ pulsé , il peut s’avérer judicieux de déterminer où et quand le profil a précédemment été observé. Les laboratoires de santé publique provinciaux et fédéraux tiennent des bases de données des profils d’électrophorèse en champ pulsé qui peuvent contenir de précieux renseignements pour les besoins d’une enquête sur une éclosion. PulseNet Canada  peut fournir des renseignements sur la prévalence d’un profil à l’échelle nationale ainsi que sur le lieu où il a été observé pour la dernière fois et la date, et peut indiquer si ce profil a été détecté dans des échantillons d’aliments par le passé. De plus, PulseNet Canada a accès aux bases de données des profils d’électrophorèse en champ pulsé de PulseNet des États-Unis. On peut également consulter le système de FoodNet Canada et ses sites sentinelles pour savoir si le profil a déjà été observé dans les fermes ou dans des échantillons de la vente au détail.

Il est certes important de recueillir de telles données historiques, mais le moyen le plus efficace de générer une hypothèse de haute qualité consiste à repérer une source d’exposition commune parmi les cas. On peut y arriver en interrogeant les cas à l’aide d’un questionnaire  exploratoire et en menant une analyse des expositions. 

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Questionnaires et entrevues

Questionnaires exploratoires

Les questionnaires  exploratoires (ou questionnaires visant la formulation d’une hypothèse) sont conçus pour recueillir des renseignements précis sur les expositions d’une personne au cours de la période précédant sa maladie. Ils sont habituellement assez longs et contiennent des questions sur les diverses sources d’exposition, telles que les antécédents de voyage, les contacts avec des animaux, les restaurants fréquentés, les événements auxquels a participé le cas et les antécédents alimentaires détaillés. La période d’intérêt varie d’un agent pathogène à l’autre étant donné que la période d’exposition équivaut à la période d’incubation maximale du pathogène.

Lors de l’élaboration d’un questionnaire, il est important de s’assurer que les questions permettent de recueillir les renseignements pertinents. Les questions doivent être concises, informelles et précises. Il convient de prétester les questionnaires avant de les utiliser pour interroger les cas afin de s’assurer qu’ils sont clairs et exempts d’erreurs.

En savoir plus sur conception de questionnaire

Entrevue avec les cas

Une fois que le questionnaire a été élaboré et mis à l’essai, il doit être adressé aux cas d’une manière uniforme et impartiale. Les entrevues avec les cas peuvent être menées par un ou plusieurs intervieweurs. Une approche centralisée permet à un seul intervieweur d’uniformiser les entrevues, de déceler des tendances et d’approfondir certaines questions. D’un autre côté, une approche avec plusieurs intervieweurs est plus rapide et permet d’avoir différents points de vue au moment de déterminer la source.

L’entrevue avec les cas est un outil important de l’enquête sur l’éclosion, mais elle comporte sa part de défis. Après l’apparition des symptômes, il peut s’écouler plusieurs semaines ou mois avant que l’équipe d’intervention en cas d’éclosion soit prête à effectuer les entrevues. Il est difficile pour les gens de se rappeler ce qu’ils ont consommé il y a plus d’un mois. Il peut s’avérer nécessaire d’interroger les cas à plusieurs reprises au fur et à mesure que l’hypothèse prend forme et se précise.

En savoir plus sur les entrevues auprès des cas 

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Analyse de l’exposition

Une fois que les entrevues sont terminées, les données peuvent être saisies dans une base de données ou une liste  des cas. On obtient ensuite la fréquence des expositions pour les cas (p. ex. un pourcentage des cas ayant consommé chacun des aliments).

Il est tentant de conclure que les aliments ayant été le plus souvent consommés sont la source la plus probable, mais il est possible que ces aliments soient souvent consommés par la population générale. Il faut alors établir une proportion de base pour permettre une comparaison avec les fréquences d’exposition. Les études de population de référence (p. ex. l’atlas des aliments des CDC [CDC Food Atlas], l’étude Nesbitt [Waterloo] et Foodbook [voir la section sur les outils  peuvent être utiles à cet effet. Ces études permettent aux chercheurs de connaître la fréquence de consommation attendue basée sur les antécédents alimentaires de milliers de répondants sur une période de sept jours. Ces données peuvent servir de point de comparaison pour les données du questionnaire en vue de déterminer des sources d’exposition (p. ex. aliments dont la fréquence de consommation est plus élevée que prévu). Des tests statistiques (p. ex. tests de probabilité binomiale) peuvent être utilisés pour déterminer s’il y a un écart significatif entre la proportion de cas exposés et la proportion de cas « témoins » (c.-à-d. les cas compris dans les études de population) (voir la section sur les outils).

L’utilisation de la fréquence de consommation des aliments comporte cependant un grand nombre de limites, car celle-ci ne tient pas compte de certains facteurs, dont les suivants :

  • Variations saisonnières (p. ex. la consommation de cerises est plus élevée au cours de l’été, mais les fréquences de consommation prévues sont les mêmes toute l’année)
  • Différences dans la consommation alimentaire chez les hommes et les femmes et les adultes et les enfants
  • Emplacement géographique
  • Différences entre les divers groupes ethniques/religieux/culturels

De plus, étant donné que les questions précises varient d’un questionnaire à l’autre, il est souvent difficile de trouver le groupe témoin le plus approprié. Par exemple, l’atlas des expositions des CDC (CDC Atlas of Exposures) fait la distinction entre les hamburgers préparés à la maison et ceux préparés dans les restaurants, ce qui n’est généralement pas le cas dans les questionnaires utilisés pour les enquêtes. De telles différences dans la définition des aliments peuvent faire en sorte qu’il soit difficile de déterminer quelle est la variable de référence la plus appropriée pour servir de fréquence « prévue ».

Il est important de garder à l’esprit que certains aliments avec une fréquence de consommation prévue élevée (p. ex. le poulet) peuvent paraître anodins sur le plan statistique, mais peuvent quand même être des sources potentielles. De plus, d’autres expositions courantes chez les cas peuvent donner des indices importants quant à la source d’une éclosion. Les cas qui signalent les mêmes restaurants, événements ou magasins d’épicerie peuvent être considérés comme des sous-grappes. Ces sous-grappes doivent faire l’objet d’une enquête rigoureuse en obtenant les menus, les reçus ou l’information sur les cartes de fidélité, dans la mesure du possible. 

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Exemples

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Outils

L’outil pour le calcul de la probabilité binomiale de l’exposition aux aliments 

  • Ce document en format Microsoft Excel permet aux utilisateurs d’entrer les chiffres relatifs à l’exposition, pendant l’éclosion d’une maladie d’origine alimentaire, à 300 produits alimentaires et calcule automatiquement les probabilités binomiales à l’aide de deux populations de référence, en plus de signaler les expositions qu’il serait intéressant de suivre (Population Survey Atlas of Exposures 2006-2007, réalisé par les CDC, et enquête sur la consommation alimentaire dans la région de Waterloo, en Ontario, couvrant la période de novembre 2005 à mars 2006).

Aperçu du registre des éclosions

  • Ce document PDF donne un aperçu de l’application « Registre des éclosions » et de ses caractéristiques et avantages principaux, ainsi qu’un exemple montrant comment utiliser cette application pendant une enquête sur l’éclosion.

National Outbreak Reporting System (NORS) des CDC  (anglais seulement)

  • Le tableau de bord NORS permet aux utilisateurs de visualiser et de télécharger des données sur les épidémies signalées au CDC. Les données peuvent être filtrées par type d’épidémie, année, état, étiologie (genre uniquement), milieu, aliment/ingrédient, exposition à l’eau et type d’eau.

Food Consumption Patterns in the Waterloo Region  (anglais seulement)

  • Cette étude sur la fréquence de la consommation de certains aliments, réalisée par Nesbitt et al., a été menée à Waterloo, en Ontario, en 2005-2006. L’étude a recueilli pendant sept jours des données sur la consommation alimentaire auprès de 2 332 Canadiens.

Food Atlas 2006-2007 des CDC (anglais seulement)

  • Cette étude réalisée par les CDC a été menée dans 10 États américains en 2006-2007. Dans le cadre de cette étude, 17 000 personnes ont répondu à un questionnaire sur leur exposition à une liste exhaustive d’aliments, ainsi que leur exposition à des animaux.

Rapports et publications de FoodNet Canada

  • Les rapports et les publications de FoodNet Canada fournissent des renseignements sur les secteurs présentant les plus grands risques pour la santé humaine afin d’aider à orienter les initiatives et les programmes en matière de salubrité des aliments, ainsi que les interventions en matière de santé publique, et contribuent à évaluer l’efficacité de ceux-ci.

Rapports annuels de CDC FoodNet  (anglais seulement)

  • Ces rapports annuels du Foodborne Diesease Active Surveillance Network (FoodNet) sont des résumés des informations recueillies par la surveillance active de neuf agents pathogènes.

Foodborne Illness Outbreak Database de Marler Clark  (anglais seulement)

  • Cette base de données fournit des résumés des éclosions de maladies d’origine alimentaire et hydrique causées par divers entéropathogènes, survenues depuis 1984.

Aide-mémoire de la FDA sur les organismes qui causent des maladies d’origine alimentaire (Foodborne Illness-Causing Organisms in the U.S.) (anglais seulement)

  • Ce document PDF fournit un tableau récapitulatif succinct des maladies d’origine alimentaire, des agents pathogènes en cause, du délai d’apparition des symptômes, des signes et des symptômes possibles, et des sources alimentaires.

Les 10 agents pathogènes alimentaires les plus recherchés au Canada, Agence canadienne d’inspection des aliments

  • Ce résumé graphique préparé par l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) présente des renseignements sur les symptômes, le délai d’apparition des symptômes, le mode de transmission, les sources potentielles et les mesures à prendre pour prévenir 10 pathogènes d’origine alimentaire.

Foodbook : étude sur l’exposition des aliments au Canada en vue de renforcer l’intervention en cas d’éclosion

  • Foodbook est une enquête sur la population menée sous les auspices de l’ASPC, qui évaluera l’exposition des Canadiens à certains aliments au cours d’une période de sept jours et de trois jours. En plus d’examiner l’exposition aux aliments, cette étude recueillera des données sur la fréquence de consommation des aliments sélectionnés, l’exposition à l’eau à des fins de consommation ou à des fins récréatives, l’exposition aux animaux, les connaissances et les pratiques en matière de salubrité des aliments, la gastroentérite aiguë, les indicateurs d’obésité et les facteurs démographiques. Au total, 11 016 Canadiens de toutes les provinces et territoires seront interrogés au cours d’une période de 12 mois civils, d’avril 2014 à avril 2015. Le rapport final de l’étude est censé être publié à l’automne 2015.

Base de données pour la gestion des éclosions

  • Cette base de données Microsoft Access suivra la disposition et la structure des questionnaires exploratoires sur les maladies entériques utilisés par l’ASPC. Les utilisateurs pourront saisir les données, exporter les champs sélectionnés dans un tableau synoptique en format Microsoft Excel, générer automatiquement des tableaux récapitulatifs sur l’exposition aux aliments et au risque et effectuer des interrogations personnalisées dans la base de données.  

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