Mise à jour épidémiologique

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Étude de cas : [2020-060] Éclosion d’infections à Salmonella Newport dans plusieurs provinces

Code de grappe : 2005NEWWGS-1ON-MP

Mise à jour épidémiologique, le 1er juin 2020 à 11 h (HAE)

 

Cas confirmés (n = 14)

Nombre de cas dans les provinces et territoires

QC = 1
ON = 7
AB = 3
CB = 3

Estimation du fardeau de la maladie[1]

365

Âge (années)

Moyenne

Médiane

Tranche d’âges

32,0

26,5

17 à 57

% de sexe féminin

79 % (11/14)

Hospitalisations

0

Décès

0

Intervalle des dates d’apparition des symptômes

Du 22 avril au 1er mai 2020

Délai de déclaration (jours)

Médiane

Intervalle

 

22

17 à 26

Courbe épidémique

Cas d’infections à S. Newport, selon l’apparition des symptômes et la province (n = 14)

MISES À JOUR

Épidémiologique :

  • L’information sur l’exposition est disponible pour 7 cas sur 14
    • 7 cas sur 14 ont été réinterrogés par la DGE de l’ASPC au moyen du questionnaire générateur d’hypothèses (ON = 5, CB = 2)
    • 3 cas sur 14 ont été perdus au cours du suivi
    • 4 cas sur 14 attendent d’être réinterrogés
  • Les entrevues ont révélé que les aliments suivants ont été déclarés à des fréquences anormalement élevées (voir l’annexe B) :
    • Épinards
      • 4 cas sur 5 (80 %) déclarent avoir été exposés aux épinards
        • 4 cas signalent les jeunes pousses d’épinards
        • 3 cas déclarent avoir acheté la marque X dans un contenant en plastique à la chaîne d’épiceries 1
        • 1 cas déclare avoir acheté la marque Y dans un sac en plastique à la chaîne d’épiceries 2
      • Bleuets
        • 5 cas sur 7 (71 %) déclarent avoir été exposés aux bleuets
          • 1 cas déclare les avoir achetés à la chaîne d’épiceries 1
          • 1 cas déclare les avoir achetés dans une épicerie indépendante locale
          • 1 cas déclare les avoir achetés sur un marché fermier
        • Noix et graines
          • 4 cas sur 6 (67 %) déclarent avoir été exposés aux noix de Grenoble
            • 1 cas déclare les avoir achetées à la chaîne d’épiceries 1
          • 5 cas sur 6 (83 %) déclarent avoir été exposés aux amandes
            • 1 cas déclare les avoir achetées à la chaîne d’épiceries 2
            • 1 cas déclare la marque « Plain and Simple »
          • 4 cas sur 6 (67 %) déclarent avoir été exposés aux graines de sésame
            • 1 cas déclare les avoir achetées à la chaîne d’épiceries 2
          • 5 cas sur 7 (71 %) déclarent avoir été exposés aux graines de chia
            • 1 cas déclare les avoir achetées dans une épicerie indépendante locale
          • 4 cas sur 6 (67 %) déclarent avoir été exposés aux graines de lin

Laboratoire:

  • Tous les cas confirmés sont liés par 0 à 6 différences d’allèles selon l’analyse wgMLST (voir l’annexe C).
  • Cette grappe de cas se trouve à moins de 25 allèles près d’une grappe historique de quatre cas ontariens de 2019 (1908NEWWGS-1ON). Les dates d’apparition des symptômes des cas appartenant à cette grappe allaient du 8 août 2019 au 2 septembre 2019. La source de cette éclosion n’a jamais été confirmée, bien qu’on ait soupçonné un type de produit de noix ou de graines. PulseNet Canada confirme que cette grappe ne se trouve pas à moins de 25 allèles près d’isolats non cliniques.

Salubrité des aliments:

  • L’ACIA a commencé à faire le traçage de l’origine des épinards déclarés par quatre cas qui les ont tous achetés à la même chaîne d’épiceries, afin de déterminer la source d’approvisionnement des jeunes pousses d’épinards.

Communications:

  • Une alerte de santé publique a été publiée dans le RCRSP le 25 mai 2020.

Annexe A: Définitions de cas

Cas confirmé:

Un résident du Canada ou une personne en visite au Canada chez qui

  • la présence de la bactérie Salmonella Newport a été confirmée en laboratoire ET
  • un isolat correspond à la grappe de PulseNet Canada 2005NEWWGS-1ON-MP par séquençage du génome entier* ET
  • la date d’apparition des symptômes ou la date de confirmation en laboratoire est le 1er avril 2020 ou après cette date.

*Les lignes directrices pour l’interprétation du séquençage du génome entier sont établies par le Laboratoire national de microbiologie de l’Agence de la santé publique du Canada.

Annexe B – Fréquences des expositions alimentaires des cas confirmés par rapport aux valeurs de référence de Foodbook Canada (n = 7).

Aliment

Cas confirmés

  

Référence

Probabilité binomiale

Oui

Probabilité

Non

NSP

% O+P

Foodbook Canada*

valeur p

VIANDES

Tout type de poulet (sauf les produits de charcuterie)

3

0

3

1

50,0

85,6

0,0375

Tout type de porc (sauf les produits de charcuterie)

1

2

3

1

50,0

55,1

0,3028

Tout type de bœuf (sauf les produits de charcuterie)

1

1

4

1

33,3

78,4

0,0201

ŒUFS

Tous les œufs

2

3

2

0

71,4

80,7

0,2677

PRODUITS LAITIERS

Tous les produits laitiers (sauf le fromage)

3

1

3

0

57,1

84,6

0,0655

Succédané du lait

3

0

3

1

50,0

Aucune donnée

Aucune donnée

Tout type de fromage

4

0

3

0

57,1

88,8

0,00306

LÉGUMES

Tomates

3

1

3

0

57,1

72,9

0,1967

Laitue ou légumes-feuilles

4

1

1

1

83,3

82,4

0,4011

Laitue iceberg

0

2

3

2

40,0

41,1

0,3452

Laitue romaine

2

1

3

1

50,0

48,8

0,312

Épinards

4

0

1

2

80,0

28,4

0,0233

Pousses

2

1

4

0

42,9

12,9

0,0432

Concombres

3

2

2

0

71,4

62,9

0,2846

Poivrons

4

0

2

1

66,7

63,6

0,3252

Brocolis

3

0

3

1

50,0

55,5

0,3013

Chou-fleur

4

0

3

0

57,1

33,0

0,1248

Champignons

4

0

3

0

57,1

50,0

0,2734

Courgettes

3

1

3

0

57,1

21,1

0,0341

FRUITS

Melons

3

0

3

1

50,0

39,7

0,2744

Pommes

4

1

2

0

71,4

72,3

0,3183

Bananes

4

2

1

0

85,7

76,7

0,3321

Agrumes

4

0

3

0

57,1

65,0

0,2679

Baies

5

0

2

0

71,4

65,2

0,2997

Fraises

2

2

2

1

66,7

49,6

0,2306

Framboises

2

0

3

2

40,0

27,5

0,2882

Bleuets

3

2

2

0

71,4

31,3

0,0298

Mûres

3

1

3

0

57,1

10,5

0,003

Mangues

4

0

3

0

57,1

15,7

0,0127

Ananas

1

1

5

0

28,6

30,0

0,3177

NOIX ET GRAINES

Arachides

4

0

3

0

57,1

33,6

0,1306

Amandes

2

3

1

1

83,3

41,0

0,041

Noix de Grenoble

3

1

2

1

66,7

18,5

0,0117

Noisettes (avelines)

0

0

6

1

0,0

10,1

0,5279

Noix de cajou

2

0

1

4

66,7

26,8

0,1577

Noix de pecan

2

1

3

1

50,0

12,9

0,0284

Pistaches

0

0

4

3

0,0

Aucune donnée

Aucune donnée

Autres noix

1

0

3

3

25,0

Aucune donnée

Aucune donnée

Beurre d’arachides

4

0

3

0

57,1

55,0

0,2918

Autres beurres/pâtes/tartinades de noix

2

1

3

1

50,0

18,3

0,0668

Graines de tournesol

2

1

3

1

50,0

18,3

0,0668

Graines de sésame

2

2

2

1

66,7

17,1

0,0088

Graines de chia

3

2

2

0

71,4

Aucune donnée

Aucune donnée

Graines de lin

2

2

2

1

66,7

Aucune donnée

Aucune donnée

Autres graines

1

0

3

3

25,0

Aucune donnée

Aucune donnée

AUTRES

Céréales froides

2

0

4

1

33,3

54,3

0,1929

Céréales chaudes

2

0

2

3

50,0

28,5

0,2491

Végétarien ou végétalien

2

0

3

2

40,0

Aucune donnée

Aucune donnée

Suppléments

3

0

4

0

42,9

28,2

0,2086

*Canada. Direction générale des maladies infectieuses et des mesures d’urgence Rapport Foodbook. Guelph : Agence de la santé publique du Canada; 2015.

Annexe C : Analyse wgMLST pour l’événement 2020-060 (code de grappe 2005NEWWGS-1ON-MP)

Description : Analyse par SGE illustrant la parenté génétique de 14 cas. Les cas sont tous génétiquement liés et présentent de 0 à 5,7 différences d’allèles selon l’analyse wgMLST.

 

[1] D’après le multiplicateur pour Salmonella (26,1) tiré de Thomas MK, Murray R, Flockhart L et coll. Estimates of the burden of foodborne illness in Canada for 30 specified pathogens and unspecified agents, Circa 2006. Foodborne Pathog Dis 2013;10(7):639-648.

Rédigé par l’ASPC. La diffusion ultérieure de cette information ne doit être effectuée que conformément au Protocole d’intervention lors de toxi-infections d’origine alimentaire.