Génération d’hypothèses

À ce stade de l’enquête, les épinards, les baies, les noix et les graines sont des aliments qui présentent un intérêt. L’enquête n’en est toutefois qu’à ses débuts; il faut donc examiner d’autres hypothèses plausibles.

Question 2-5 : Que feriez-vous pour formuler ou renforcer des hypothèses?

  • Consultez la documentation pour connaître les sources d’éclosions antérieures de Salmonella
  • Déterminez si la grappe actuelle est étroitement liée à d’autres isolats observés ailleurs dans la chaîne alimentaire et à l’extérieur du Canada en demandant à :
  • Interroger les cas au moyen d’un questionnaire normalisé pour déterminer les expositions alimentaires communes et recueillir des détails précis sur ces expositions (p. ex. type d’aliment, marque, taille, lieu et date de l’achat).

Jour 19 : Mardi 26 mai 2020 (n = 9)

Un examen de la documentation révèle que les éclosions d’infection à Salmonella Newport ont été associées à une grande variété de produits alimentaires ainsi qu’à des contacts avec des animaux. Voici certaines des expositions alimentaires qui y sont associées : les fruits et légumes frais comme les oignons, le melon d’eau, le cantaloup, le concombre et les pousses, le bœuf, les noix et les graines.

Afin de déterminer les sources possibles de cette éclosion, vous rencontrez PulseNet Canada afin d’examiner les arbres du séquençage du génome entier (SGE) pour tous les isolats ou grappes génétiquement liés à moins de 10 allèles près, ainsi que tous les isolats ou grappes liés à moins de 25 allèles près de la grappe actuelle. PulseNet Canada note qu’il n’y a pas d’isolats ou de grappes génétiquement liés à 10 allèles près, mais que cette grappe est liée à moins de 25 allèles près à une grappe de quatre cas ontariens de 2019 (1908NEWWGS-1ON). Les dates d’apparition des symptômes des cas appartenant à cette grappe allaient du 8 août 2019 au 2 septembre 2019. PulseNet Canada confirme également que la grappe d’éclosion n’est pas à moins de 25 allèles près d’isolats non cliniques (c.-à-d. source animale, alimentaire, environnementale).

À la suite de cette rencontre, vous décidez d’envoyer un courriel en Ontario au sujet de la grappe de quatre cas de 2019. Si une enquête a été menée pour cette grappe et qu’une source a été identifiée, cela peut aider à générer des hypothèses pour cette enquête.

L’Ontario répond et vous informe qu’une source n’a jamais été confirmée lorsque cette grappe a fait l’objet d’une enquête, bien que plusieurs noix et graines aient été envisagées comme hypothèses potentielles.

Jour 20 : Mercredi 27 mai 2020 (n = 9)

Vous participez à une téléconférence hebdomadaire avec les CDC des É.-U. Les épidémiologistes qui participent à l’appel soulignent qu’ils observent également une augmentation des cas d’infection à Salmonella Newport dans deux États.

Question 2-6 : Quelle est la prochaine étape possible pour déterminer si l’un des cas aux États-Unis peut être lié à ceux du Canada?

Le séquençage du génome entier peut aider à déterminer si les cas au Canada sont génétiquement liés à ceux des États-Unis.

Pendant l’appel, vous demandez aux les CDC des É.-U. si un SGE a été effectué sur les isolats. Les CDC des É.‑U. signalent que le SGE est terminé. À partir de cette information, vous décidez d’envoyer une demande à PulseNet Canada afin qu’il vérifie si l’un des cas américains correspond à la grappe canadienne. Vous fournissez à PulseNet Canada le code de la grappe américaine fourni par les CDC des É.‑U. PulseNet Canada indique qu’il va s’occuper de la demande et vous informera des résultats de la comparaison dès qu’ils seront disponibles.

OUTILS

< Retour Suivant >