Surveillance et méthodes de laboratoire

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L’identification d’un agent pathogène spécifique commence généralement avec la commande d’un échantillon de selles par un médecin pour le compte d’un patient. Une fois l’échantillon défini, l’isolat peut être transféré à des laboratoires provinciaux ou fédéraux de santé publique pour un typage et des analyses supplémentaires comme le sérotypage, le lysotypage, l’électrophorèse en champ pulsé (ECP), l’Analyse multilocus du polymorphisme de séquences répétées en tandem (MLVA), le profilage de résistance aux antimicrobiens (RAM), et le séquençage du génome entier (SGE). Ces analyses supplémentaires constituent une importante composante des enquêtes, étant donné que les isolats ayant des empreintes ou des profils génétiques correspondants sont plus susceptibles de provenir d’une même source ou d’avoir un lien épidémiologique que les isolats aux profils différents. Si les agents pathogènes sont détectés dans un échantillon de nourriture, leur profil génétique est comparé à ceux qui ont été isolés chez les cas humains dans le cadre de l’enquête sur l’éclosion afin de déterminer si les isolats « correspondant » fournissent des données probantes importantes pour une enquête sur l’éclosion.

Il existe un certain nombre de types différents de programmes de surveillance en laboratoire  au Canada qui sont utilisés pour surveiller les tendances de maladies entériques au fil du temps, détecter les concentrations de cas et les éclosions, et éclairer les interventions en cas d’éclosion par l’entremise de données découlant de l’attribution de sources. Lorsqu’ils sont analysés séparément, chaque programme de surveillance a son propre objectif, mais lorsqu’ils sont associés à d’autres programmes de surveillance, ils peuvent aider à éclairer les enquêtes sur les éclosions et à détecter les concentrations de cas qui peuvent autrement ne pas être détectées. Plus une concentration de cas est détectée tôt, plus il est probable d’en définir la source, ce qui finalement aide à réduire le nombre de personnes pouvant tomber malades. 

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Méthodes de laboratoire

Sérotypage 

Le sérotypage est une méthode utilisée pour mieux différencier les diverses souches bactériennes en fonction de la présence ou l’absence d’antigènes particuliers (c.-à-d. les récepteurs sur la surface externe de la cellule). Par exemple, on compte plus de 2 000 souches différentes de Salmonella, la plus commune étant Salmonella enterica serovar Enteritidis. Le système de classification de Kauffman et White classe diverses souches de Salmonella en sérotype en fonction des antigènes de surface. Le sérotypage est souvent effectué à des laboratoires provinciaux de santé publique. Si un sérotype est courant, d’autres analyses et méthodes de sous-typage sont souvent mises en œuvre.

Lysotypage 

Le lysotypage est une méthode de sous-typage qui met à l’essai la vulnérabilité d’une bactérie à des virus bactériens. Ce procédé peut être utilisé conjointement avec d’autres méthodes de sous-typage en vue d’augmenter le pouvoir de discrimination. En incluant le lysotypage, les analyses peuvent être axées de sorte à ne tenir compte que des cas qui ont une lysotypie prédominante (p. ex., Salmonella Enteritidis avec le lysotype 8). Le lysotypage a été éliminé progressivement au Canada en 2017 et n’est plus pratiqué au Laboratoire national de microbiologie (LNM).

Résistance aux antimicrobiens (RAM) 

Des agents pathogènes peuvent être testés en termes de résistance à des agents antimicrobiens particuliers. Les isolats présentant des classes de résistance similaires sont regroupés. Il est à noter que le profilage de la résistance aux antimicrobiens est souvent mené à des laboratoires hospitaliers et à des laboratoires privés et qu’il est important pour les soins aux patients (c.-à-d. afin d’éviter de donner aux patients des antibiotiques auxquels ils sont résistants).

Électrophorèse en champ pulsé (ECP)

Au Canada, l’électrophorèse en champ pulse (PFGE) est effectuée à des laboratoires provinciaux et fédéraux de santé publique. La PFGE est une technique qui utilise des enzymes pour diviser les brins d’ADN bactérien en fragments. Ces fragments sont ensuite séparés en fonction de leur taille à l’aide d’un champ électrique, ce qui entraîne la création d’une tendance de PFGE (c.-à-d. l’« empreinte génétique »). Une fois que les tendances de PFGE sont générées, elles sont saisies dans une base de données électronique d’empreintes génétiques au Laboratoire national de microbiologie. Ce procédé permet la comparaison rapide de tendances et, par conséquent, la détection d’éclosions géographiquement dispersées de maladies bactériennes d’origine alimentaire à un stade précoce comparativement à la surveillance en laboratoire traditionnelle. En outre, cela permet des interventions plus rapides face aux éclosions ainsi qu’une incidence réduite sur la santé publique. Le pouvoir de discrimination de la PFGE peut être accru en utilisant plus d’un enzyme, et les enzymes utilisés varient selon l’agent pathogène. Après le passage au séquençage du génome entier (SGE) au Canada en 2017, l’électrophorèse en champ pulsé (ECP) a été éliminée progressivement à l’échelle nationale pour de multiples agents pathogènes, dont les bactéries Listeria, Salmonella, E. coli et Shigella.

Analyse du nombre variable de répétitions en tandem multilocus (MLVA)

L’analyse du nombre variable de répétitions en tandem multilocus est une méthode de sous-typage qui caractérise les bactéries en dénombrant le nombre de répétitions en tandem (c.-à-d. les séquences d’ADN qui se répètent naturellement) à des points spécifiques sur le génome bactérien. Cette méthode est généralement utilisée à titre complémentaire de la PFGE et elle n’est actuellement mise en œuvre que dans un nombre limité de laboratoires au Canada. Au Canada, à compter de décembre 2014, la MLVA n’est utilisée de façon systématique que pour les isolats d’E. coli.

Séquençage du génome entier (SGE) 

Le séquençage du génome entier (SGE) est un procédé de laboratoire qui détermine la séquence génétique (ADN ou ARN) complète d’un organisme (p. ex., une bactérie ou un virus). Diverses méthodes analytiques (bio-informatiques) peuvent ensuite être utilisées pour déterminer le lien entre les différents isolats utilisant ces séquences. Dans le contexte d’une enquête sur une éclosion, les isolats qui présentent des liens plus étroits peuvent provenir de la même source (p. ex., un produit alimentaire contaminé), tandis que les isolats qui ne sont pas étroitement liés sont moins susceptibles de provenir de la même source. En 2017, le LNM a amorcé sa transition vers le SGE, la méthode actuelle « de référence absolue » pour comparer les profils génétiques de la plupart des agents pathogènes bactériens d’origine alimentaire au Canada. À l’échelle nationale, le SGE est actuellement effectué de façon routinière pour tous les isolats des bactéries Listeria, Salmonella, E. coli et Shigella.

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Programmes de surveillance en laboratoire

Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME) 

Le Programme national de surveillance des maladies entériques est un programme administré dans le cadre du Programme national de surveillance des maladies entériques au Laboratoire national de microbiologie et au Centre des maladies infectieuses d’origine alimentaire, environnementale et zoonotique. Par l’entremise du PNSME, chaque laboratoire provincial de santé publique fournit au LNM des totaux hebdomadaires de nouvelles maladies entériques confirmées en laboratoire dans leur territoire de compétence respectif. Ces totaux sont résumés dans un rapport hebdomadaire qui récapitule les tendances de maladie aux échelles nationale et provinciale, en mettant en évidence les agents pathogènes pour lesquels des cas sont signalés comme étant supérieurs aux niveaux de référence. Les rapports de surveillance hebdomadaires ainsi que des données en ligne sont accessibles aux professionnels de la santé provinciaux et fédéraux. 

Réseau des laboratoires de surveillance du Canada (RLSC) – PulseNet Canada 

PulseNet Canada est le réseau national de sous-typage moléculaire pour la surveillance des maladies d’origine alimentaire, qui permet aux responsables de la santé de lier les cas dans le cadre d’une enquête sur une éclosion en cernant les grappes de maladies entériques qui sont reliées soit par ECP, soit par analyse multilocus du polymorphisme des séquences répétées en tandem (MLVA), soit par SGE. Ces techniques jouent un rôle particulièrement important dans la détermination des foyers d’éclosion lorsque le nombre de cas n’est pas supérieur aux valeurs prévues.

Le Réseau des laboratoires de surveillance du Canada (RLSC) tient un forum de discussion électronique hébergé sur la plateforme du Réseau canadien de renseignements sur la santé publique (RCRSP) qui permet aux laboratoires de chaque province et territoire, ainsi qu’au LNM et à l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA), de publier des isolats de l’un ou l’autre de ces cas ou d’aliments qui sont reliés génétiquement. Le suivi est facilité par le maintien d’un réseau complexe de relations avec des partenaires en salubrité des aliments à plusieurs niveaux, y compris l’ to de même que des autorités agricoles et de santé publique provinciales et territoriales. 

Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) 

Le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) est un programme national qui surveille les tendances en matière de résistance aux antimicrobiens et d’utilisation d’antimicrobiens chez certains organismes bactériens isolés de sources humaines, animales et alimentaires de partout au Canada. Le programme est fondé sur plusieurs composantes de surveillance diverses qui peuvent être liées afin d’examiner la relation entre les antimicrobiens utilisés chez les animaux destinés à la consommation et les humains, ainsi que les répercussions subséquentes sur la santé. 

FoodNet Canada

FoodNet Canada est un système préventif multipartenarial de sites sentinelles mis en œuvre par l’Agence de la santé publique du Canada, qui vise à déceler les sources de maladie entérique au Canada. FoodNet Canada recueille des échantillons à l’échelle communautaire touchant les cas de maladie humaine (p. ex. expositions et comportements) et tout au long du continuum de la ferme à l’assiette (p. ex. aliments vendus au détail, animaux d’élevage, sources locales d’approvisionnement en eau) afin de déterminer les risques. Les principaux objectifs de FoodNet Canada consistent à : i) détecter les changements de tendance dans les maladies entériques humaines et dans les niveaux d’exposition aux agents pathogènes d’origine alimentaire, animale et hydrique (non traitée) dans une population donnée, ii) à optimiser les efforts d’allocation de ressources au Canada en déterminant les facteurs importants de risque et d’exposition aux maladies entériques, iii) et à fournir des renseignements préventifs utiles en vue d’établir l’ordre de priorité des risques, de comparer les interventions et les mesures directes et d’évaluer l’efficacité des programmes de salubrité des aliments et les interventions ciblées en matière de santé publique. 

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Limites et défis

Il existe nombre de limites et défis liés aux diverses méthodologies de laboratoire pour les entéropathogènes ainsi que les systèmes de surveillance. En général, pour être répertorié dans un système de surveillance canadien, une personne malade doit : demander des soins, recevoir une demande d’échantillon (de selles, d’urine ou de sang), et soumettre un échantillon aux fins d’analyse. En outre, l’échantillon doit être analysé de sorte que l’on puisse détecter l’agent responsable et, enfin, le résultat positif du test doit être signalé dans le système de surveillance Les systèmes de surveillance ne détectent qu’une petite partie des maladies totales, compte tenu de toutes les étapes nécessaires (notamment le sous-diagnostic et la sous-déclaration).

Même si des cas sont analysés et répertoriés par l’entremise d’un système de surveillance, il peut être difficile de différencier l’éclosion de cas sporadiques. Ce problème peut être partiellement résolu par une analyse supplémentaire, cependant, le pouvoir de discrimination est généralement limité en termes de typage génétique, et il n’est pas toujours possible ou pratique d’analyser tous les isolats. Ces limites doivent être prises en compte lors de l’analyse et de l’interprétation de données de laboratoire et de surveillance. 

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Outils

Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME)

  • Ce document PDF préparé par l’ASPC est un résumé des données soumises au Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME) en 2012 par les laboratoires de santé publique des provinces et des territoires. Le rapport comprend des tableaux de référence qui fournissent la liste complète des données sur les espèces et les sérotypes déclarés au PNSME, ainsi que des données sur les lysotypes.

Rapports et publications de FoodNet Canada

  • Les rapports et les publications de FoodNet Canada fournissent des renseignements sur les secteurs présentant les plus grands risques pour la santé humaine afin d’aider à orienter les initiatives et les programmes en matière de salubrité des aliments, ainsi que les interventions en matière de santé publique, et contribuent à évaluer l’efficacité de ceux-ci.

Rapports et publications du PICRA

  • Le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) surveille les tendances en matière de résistance aux antimicrobiens et d’utilisation d’antimicrobiens chez certains organismes bactériens isolés de sources humaines, animales et alimentaires de partout au Canada.

Base de données de l’ASPC sur les maladies à déclaration obligatoire

  • Maladies à déclaration obligatoire en direct! est une base de données qui procure des données sur les maladies à déclaration obligatoire à l’échelle nationale, notamment le nombre et les taux de cas déclarés, les limites des données et les descriptions des maladies.

Répertoire des maladies à déclaration obligatoire, Centre de collaboration nationale des maladies infectieuses

  • Cette base de données interrogeable renferme les définitions de cas relatives à toutes les maladies à déclaration obligatoire dans chaque province et territoire.

Critères d’interprétation pour l’électrophorèse en champ pulsé et la MLVA

  • Ce document de référence fournit des renseignements sur la force des éléments probants pour l’interprétation des résultats des électrophorèses en champ pulsé et des analyses multilocus du polymorphisme de séquences répétées en tandem (MLVA). Ces critères servent à évaluer les correspondances entre les cas humains et les correspondances entre les isolats provenant des aliments et les cas humains.

Les 10 agents pathogènes alimentaires les plus recherchés au Canada, Agence canadienne d’inspection des aliments

  • Ce résumé graphique préparé par l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) présente des renseignements sur les symptômes, le délai d’apparition des symptômes, le mode de transmission, les sources potentielles et les mesures à prendre pour prévenir 10 pathogènes d’origine alimentaire.

Bad Bug Book: Handbook of Foodborne Pathogenic Microorganisms and Natural Toxins de la Food and Drug Administration (FDA) (anglais seulement)

  • La deuxième édition de Bad Bug Book, publié par le Center for Food Safety and Applied Nutrition de la Food and Drug Administration (FDA), qui relève du département de la Santé et des Services sociaux des États-Unis, fournit de l’information à jour sur les principaux agents connus qui causent des maladies d’origine alimentaire. Ce manuel ne se veut pas une référence scientifique ou clinique complète; il s’agit plutôt d’un condensé général, destiné à une utilisation pratique.

Centre collaborateur de l’OMS de référence et de recherche sur les Salmonella : Formules antiéniques des sérovars de Salmonella (2007, 9e édition)

  • Ce document de référence préparé pour le Centre collaborateur de l’OMS de référence et de recherche sur les Salmonella décrit la taxonomie et la nomenclature du genre Salmonella et comprend une liste alphabétique des noms attribués aux sérovars accompagnés de leurs formules antigéniques.

Aide-mémoire de la FDA sur les organismes qui causent des maladies d’origine alimentaire (Foodborne Illness-Causing Organisms in the U.S.) (anglais seulement)

  • Ce document PDF fournit un tableau récapitulatif succinct des maladies d’origine alimentaire, des agents pathogènes en cause, du délai d’apparition des symptômes, des signes et des symptômes possibles, et des sources alimentaires. 

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